הניתוח מבוצע בהרדמה כללית. מכניסים צינור הנשמה tube endotracheal וברגע שההרדמה נכנסה לתוקף, ההליך מתחיל עם חתך רחבי בקפל צווארי באורך המינימלי הנדרש. לאחר הפרדת שרירי הרצועה ה STRAP MUSCLES מפרידים בזהירות את הבלוטה מהרקמות הסמוכו תוך הקפדה יתרה על מניעת פגיעה בעצבים ובבלוטות הסידן. בהתבסס על הבדיקות שבוצעו לפני הניתוח ועל פי הממצאים בבלוטה עצמה נעשית קביעה סופית של איזה חלק מבלוטת התריס יש להסיר. במקרים רבים הממצא שהורחק נשלח לבדיקה פתולוגית במקום ולעיתים לאור הממצאים יש צורך בהרחבת הניתוח. מוודאים שאין דימום באזור הניתוח והחתך נסגר בצורה קוסמטית מיטבית. לעיתים (רחוקות) יש צורך בהשארת נקז.

הסיכונים העיקריים בניתוח בלוטת התריס כרוכים בפגיעה אפשרית במבנים סמוכים חשובים בקרבתה כמו בלוטות יותרת התריס (המווסתות את רמות הסידן) והעצב החוזר THYROID GLAND המעצבב את מיתרי הקול. סיכון נוסף הוא דימום העלול להביא למצוקה נשימתית ומחייב טיפול מיידי. לכן מומלץ לבחור במנתח בעל ניסיון רב ומגוון בניתוחים מעיין אלו.
מדובר בניתוח הנעשה למטרות רפואיות, לרוב חיוניות, ובאם ננקטים אמצעי הזהירות הדרושים וישנה הקפדה על הפן הקוסמטי הרי שברוב רובם המכריע של המקרים הניתוח יעבור בשלום, ללא פגיעה ותוך השארת צלקת מינימלית שאף היא לרוב הולכת ומטשטשת עם הזמן.